在19世纪，笛卡尔(Descartes)的思想在很长时间里影响着人们对潜意识本质的看法。笛卡尔为人们所熟知，是因为他将心灵和肉体进行绝对分离。从那时起，笛卡尔二元论，或者心身问题，就成了哲学家和心理学家的研究焦点。当然，当时很多人都不认可这种观点，即心灵和肉体是两个分离的、遵从不同自然法则的实体，即使在今天，也很少有哲学家或心理学家将自己归为二元论者的队伍：事实上，安东尼奥·达马西奥(Antonio Damasio)将“心灵和肉体的深度分离”称为“笛卡尔的错误”。

笛卡尔还犯了一个与此相关的错误，虽然知道的人不多，但在知道的这少部分人中的口碑依然很恶劣。笛卡尔赋予心灵特殊地位，而这与自然法则无关：不仅如此，他还把心灵局限于意识领域。太原心理咨询师成向东：他认为，心灵包括人类一切有意识的想法，除此以外，别无其他。笛卡尔把心灵等同于意识，就这样猛烈的一击，粉碎了任何无意识思想存在的可能性一这一思潮被亚瑟·凯斯特勒(ArthurKoestler)称为“笛卡尔式灾难”，而兰斯洛特·怀特(Lancelot Whyte)则称之为“人类心灵所能犯下的根本性错误之一”，凯斯特勒正确地表明，这种观点导致了“心理学的贫困化，要三个世纪才能使其复原”。

尽管笛卡尔犯了一个很大的错误，但是，19世纪的很多欧洲理论家，例如帕斯卡尔(Pascal)、莱布尼兹(Leibniz)、谢林(Schelling)、赫尔巴特(Herbart),他们开始假设无意识知觉和思想是存在的。值得一提的是，有些英国医生和哲学家针对无意识加工萌生了一些新想法，公然反对笛卡尔的观点，而且，它们显然与当代关于适应性潜意识的想法相类似。这些具有先见之明的理论家，特别是威廉姆·汉密尔顿(William Hamilton)、汤姆斯·莱科克(Thomas Laycock)、威廉姆·卡朋特(William Carpenter),实可称为适应性潜意识的当代理论之父。他们观察到，人类的大量知觉、记忆和活动在发生时并不伴随着有意识的思考或意愿，他们的结论是，一定存在某种“心理潜在因素”（汉密尔顿所言，引自菜布尼兹)、“未意识到的大脑的思考活动”（卡朋特所言）或者“大脑的反射活动”（莱科克所言）。很显然，这些理论家对无意识加工的描述与现代的观点相类似；事实也是如此，他们著作中的一些引用很容易被误认为是现代心理学杂志的条目：