森田认为，人是不断变化流动的存在，意识只不过是一种状态，一种自然现象而已。人应该绝对无条件地承受自然现象，服从自然。森田认为，一切字宙现象都建立在相对关系、调节作用以及均衡之上，心理现象亦无例外。他认为，心理现象只有在不断变动的过程中才能维持均衡，维持适应自我保存的方向。在不断变动中服从自然，是人类适应自我保存的最好办法。

森田疗法认为，所有的病理性精神问题都是从情绪反应、认知、行动和注意的关系连锁中派生而来。对病理性精神问题的治疗，应该从相互关系的恶性循环当中入手。他认为，追因是其次的，思考并采取相应的干预措施，打破其恶性循环才是治疗的关键。

森田疗法主张用恐惧和欲望的相互关系，思考人的存在和病理性精神问题的相互关系，认为所谓“症状”只不过是情绪变化的一种表现。森田指出，“要明白人生两个事实的重要性。一是‘对死亡的恐惧无法回避’，伴随生，我们有焦虑和恐惧，而且我们必须接受自己能忍受的极限。二是‘放弃欲望是不可能的'，我们绝对是追求自我实现的存在。生就是欲望和伴随恐惧体验两者的总合。这种恐惧和欲望不可分割…因此，去除恐惧本身就会被恐惧逮住，同时还会否认自己的欲望。”②对死亡的过度恐惧和焦虑以及企图放弃生的欲望，往往是形成病理性精神问题的症结所在。在森田疗法看来，病理性精神问题是对人性的错误认知，对自身欲望的非理性思考造成的。

森田疗法基于自然论的观点，理解人并对来访者进行干预。不愉快的身体反应、恐怖、焦虑、抑郁等情绪反应，都是自然而然的东西，其本身并非病理性的。病理性精神问题之所以出现，是因为针对这些自然反应所出现的各种非理性认知、行动和注意等因素，相互之间形成了恶性循环。如果这种恶性循环不产生，或者起初没有形成恶性循环，那么，病理性精神问题就不会存在。